事务所设立了函证中心，协助审计项目组执行函证程序。函证中心能保证对函证收发环节的控制，优化函证收发程序、跟踪函证状态并及时通知项目组函证的状况。
一是审计项目组确定发函的对象，并从被审计单位获取函证地址，审计项目组利用互联网查询、核对增值税专用发票、核对合同或致电被询证者等方式，对获取的函证地址进行全方位检查。二是审计项目组将填写完整的申请表上传至函证系统，函证系统将分配一个唯一的批次号给相关函证。三是项目组将填列完整并取得被审计单位的授权（盖章）的函证邮寄至函证中心，函证中心在与函证系统内的信息核对没有错误后，统一寄出。
一是函证中心收到被询证者寄回的函证后，检查函证上的条形码和二维码，对于没有条形码和二维码的函证，立即通知审计项目组跟进异常。二是函证中心核对回函与函证系统中的记录是否一致，对函证进行初步检查，包括回函相不相符、是否有其他特殊的注释，将发现的不正常的情况提示审计项目组关注。三是函证中心将回函原件及回函快递封皮一并交付审计项目组，审计项目组在获得回函后，对不正常的情况进一步核验，以评估回函的可靠性。
项目组第一次发出函证后，在合理的时间内未取得回函时，原则上应再次发出函证。再次发出函证若选择邮寄方式，仍应通过函证中心执行函证程序。再次发出函证后于审计报告日前始终未能取得回函的，执行替代程序，以获取相关、可靠的审计证据。
回函可能会存在各种不正常的情况，审计项目组负责对不正常的情况进行跟进，对异常事项做调查，以确定是否表明存在错报。常见的回函异常情况以及处理方式如下：
一是银行函证的回函中，银行明确标注仅对某些项目进行确认，在这种情况下审计项目组通常会与银行进行沟通，初步了解被审计单位在该银行是否有其他项目并解释函证对审计工作的重要性，在对方同意的情况下考虑实施二次函证程序；如通过沟通了解到被审计单位在银行并无其他项目，审计项目组通常会通过核对企业信用报告等方式佐证银行的口头确认。
二是某些银行（如中国建设银行和一些境外银行）会采用自有格式回函，在这种情况下，审计项目组将回函与发出的函证内容进行对比，确保发出函证的内容均已被包含于银行自有格式的回函中。
三是往来科目函证回函存在不符事项，审计项目组要求被审计单位管理层对不符的原因进行解释，并进一步查看相关支持性文件作为审计证据。对不符事项的原因检查无误后，对不符事项进行分析，判断是否存在错报。
银行函证作为一项基本的审计程序，实务中每个项目都会涉及，审计准则也对银行函证的各个环节进行了具体的规定。但银行函证程序仍存在各种各样的问题，突出表现在未对部分银行存款账户进行函证且无充分理由、未对函证过程保持控制、未调查回函不符的原因、未关注回函异常情况等。
根据审计准则的规定，注册会计师应当对银行存款（包括零余额账户和在本期内注销的账户）、借款及与金融机构往来的其他重要信息实施函证程序，除非有充分证据表明其对财务报表不重要且与之相关的重大错报风险很低。检查发现部分项目未对某些银行账户进行函证，且未在审计底稿说明不予函证的理由或理由不充分。具体如下：
1.某项目因被审计单位合并报表范围内的银行账户较多（四百余个），审计人员对认为不重要的银行账户未进行函证，未函证的银行账户合计140余个，数量占全部银行账户的36%。审计底稿中对大部分情况未记录不予函证的理由。
2.某项目以银行存款余额或发生额较小、银行账户开立时间短、账户尚未启用为由，对28个银行存款账户未进行函证，数量占全部银行账户的27%。审计底稿未充分记录不予函证的理由。
3.某项目未对个别期末余额较大的银行账户进行函证，且底稿未记录不予函证的理由。
4.部分项目未对零余额账户、社保专户、境外银行存款项目、本年注销的账户或已销户转款临时账户等进行函证，底稿未充分记录不予函证的理由。
根据审计准则的规定，注册会计师应当对询证函保持控制，包括确定需要确认或填列的信息、选择适当的被询证者、设计询证函以及发函并跟进等。检查发现部分项目底稿未留存发函和回函的快递单据，无法证明询证函是由注册会计师直接发出或由注册会计师直接从被询证者获取；很多项目采取亲函形式，但底稿无相关亲函记录。
根据审计准则的规定，在未回函的情况下，注册会计师应当实施替代程序以获取相关、可靠的审计证据。但检查发现，部分项目在未对银行存款实施函证、或实施了函证程序但银行未回函的情况下，未实施替代程序，或审计底稿中未留存相关证据。
根据审计准则的规定，注册会计师应当调查不符事项，以确定是否表明存在错报。但检查发现，部分项目存在项目组获取回函后，未对回函内容进行仔细审阅，未能发现回函存在不符事项，也未进一步调查不符事项。不符事项主要包括银行回函金额与账面金额存在差异、回函存在未入账的银行承兑汇票、账户类型和状态不一致、存款利率和借款期限不一致等。该类问题发生频率较高，须引起关注。
根据审计准则的规定，如果存在对询证函回函的可靠性产生疑虑的因素，注册会计师应当进一步获取审计证据以消除这些疑虑。这类问题集中表现为审计人员只关注了银行回函的金额，而对其他异常情况未予关注，未采取措施获取进一步审计证据。异常情况主要包括：一是银行回函盖章不清，无法判定是否由被询证银行回复；二是回函银行与被询证银行不一致，审计人员未关注到存在差异；三是银行回函缺少银行经办人员签章；四是银行回函显示账户无法查证，审计人员未予关注。
1.部分项目收到银行回函的日期晚于审计报告日，审计人员未在底稿中进行说明。
2.银行以自有格式回函，或将银行存款以外的内容划线删除，审计人员未跟进以确认是否存在其他事项。
3.底稿记录不完善，低级错误频出。如函证结果汇总表填写的回函日期与实际不符，银行回函日期填写错误；银行账户余额填串、函证汇总表漏填账户；审计人员未根据银行回函更新底稿等。
4.银行存款列报存在问题。如某项目有一个账户未予函证，后附一份企业询证函，以该笔余额作为银行存款余额，经核实为往来款，列报存在错误；某项目一个账户列报为保证金账户，检查发现应列报为其他货币资金。针对上述情况，审计人员未予关注并进行重分类调整。
5.亲函日期、被审计单位盖章日期、回函日期逻辑关系混乱，实际为审计人员后补被审计单位盖章日期和亲函日期。
6.其他存疑问题。某项目银行存款函证中的审计人员亲函比例较高，部分为当场取得回函，但底稿中所附亲函记录存在时间不符的情况。
往来款函证存在的问题主要为：一是发函前，未对被询证者的姓名和地址等信息执行核查程序，未将核查过程记录于审计底稿；二是函证过程中，未保持必要的控制，询证函由被审计单位人员发出或收回；三是收到回函后，未调查不符事项，未能发现函证存在的一些异常情况。从检查情况来看，各事务所需提高往来款函证程序执行的质量而不是只关注回函率，以确保函证程序所提供审计证据的相关性和可靠性。
检查发现，多数会计师事务所能够做到对重要的往来款实施函证，对于不予函证的在工作底稿中说明理由。但个别项目仍存在未对部分重要往来款账户实施函证，且底稿未记录不予函证的理由等问题。未对个别预收账款金额较大的客户进行函证，也未说明理由；对发生的大额其他应收款项目未进行抽查；未结合营业收入审计情况对部分本期发生额较大的应收账款客户进行函证。
检查发现往来款函证过程控制不到位的情况比较普遍。突出表现在：一是被询证者的注册地址、发函的收件地址、回函的寄件地址三者之间存在不一致，而审计人员未执行核对程序，或核对程序流于形式；二是回函由被审计单位收到后转交审计人员，而非审计人员直接从被询证者获取，询证函的收回过程缺乏有效的控制。具体情况如下：
（1）询证函未直接发给被询证者，由被审计单位人员发出。某项目审计人员未核实被询证者联系人员及地址，未发现收件人实际为被审计单位员工，导致询证函由该员工收到，随后又由该员工取得被询证者盖章的回函后寄回事务所。部分项目询证函由被审计单位寄出，或通过被审计单位邮箱发出。
（2）发函或亲函地址与被询证者的注册地址不一致，底稿未记录核查程序。部分项目审计人员未关注地址不一致的情况，或虽关注到不一致的情况但底稿并未记录执行的核查程序。
（3）被询证者的注册地址、发函的收件地址、回函的寄件地址均不一致。部分项目审计人员未关注上述地址存在不一致的异常情况，或虽关注到存在不一致情况，但工作底稿无相关核查程序。
（4）发函的收件地址与回函的寄件地址一致，但与被询证者注册地址不一致，审计人员未关注地址不一致的情况，或虽关注到存在不一致，但未将执行的地址核查程序记录于工作底稿。
（5）未留存发函快递单或相关资料，无法核实相关信息，审计人员未予关注并在底稿中解释说明。
（1）回函的收件人为被审计单位，或由被审计单位寄回或带回，审计人员未对回函的过程保持有效的控制。
（2）未留存回函快递单或丢失，无法核实相关信息，审计人员未予关注，未在底稿中解释说明。
（3）询证函回函未留存原件，底稿中仅留存复印件、传真件或手机图片，未在底稿中说明未留存原件的原因。
个别项目在未取得回函的情况下，未实施替代程序，具体包括：一是对方未回函，审计人员未执行替代程序；二是回函日期晚于审计报告日，审计人员未执行替代程序；三是在审计人员跟函的情况下未取得回函，未实施替代程序。
审计准则规定，存在回函不符的，应当调查不符事项，以确定是否存在错报。但检查发现部分项目并未按准则要求对不符事项做出详细的调查，底稿也无相关记录，如仅在调节表中描述了相关情况，未见调节过程的调查记录；回函存在差异的，未见审计人员注释说明，未调查存在差异的原因。
与银行函证类似，往来款函证中该类问题也较为普遍。主要为审计人员只关注了往来款询证函回函的金额，而对其他不正常的情况未予关注，也未采取措施获取进一步证据。
1.回函的寄件地址与发函的收件地址不一致。部分项目存在该类问题，但仅一个项目在底稿记录了审计人员关注到地址不一致的情况，但认为地址较近而予以认可，其他项目均未记录相关原因。
2.不同被询证者回函寄出快递的站点、时间相同。某项目的几个被询证者位于不同城市、不同地址，但回函寄出的快递站点和时间却相同。审计人员未关注到上述不正常的情况并获取进一步审计证据。
3.被询证者回函的单位名称与发函的单位名称不一致，审计人员未关注到异常情况并获取进一步审计证据。
4.回函签章不符。如被询证者已更名但回函盖章仍为旧名称、被询证者未在回函上盖章，审计人员未关注到上述异常情况，未获取进一步审计证据。
5.其他异常情形。如某项目不同被询证者的询证函从同一地址寄回，发件人不同，但发件时间、手机号均一致。审计人员未关注到该异常情况，未获取进一步审计证据。
1.执行程序不充分。如应收账款对应客户为自然人，本期均有较大发生额，且当期均无回款，针对上述可疑事项，审计人员仅实施了函证，未执行其他审计程序；其他应收款存在小额差异，审计人员调查了原因，并根据回函金额调整了账面金额，但底稿未记录不一致的原因，也无相关差异调节表。
（1）未记录相关程序的执行情况。如应收账款回函存在不符，审计人员予以调整，但底稿无具体调整过程；对于应收账款期后回款金额小于50%的执行了一定补充替代程序，但没有清晰的描述相关情况；函证程序控制措施表中描述了多种发函前控制措施且在发函清单“被询证者名称、地址是否已核对正确”处记录为“是”，但底稿中未见实施核实程序的记录
（2）未留存相关资料或记录。一是函证快递回单未显示发件人信息，无法验证寄出方，审计人员称其登陆物流网站查验了快递信息，但未在底稿中留存查验快递信息的记录；二是部分项目采取亲函形式，但底稿无亲函记录；三是底稿无回函单据，审计人员解释为被询证者办事员将询证函带给审计人员，审计人员取得对方联系方式及身份证明，但未在底稿中记录相关情况；四是被询证者为自然人的，回函只有对方签字，未留存身份证复印件；五是回函存在不符事项，审计人员仅在调节表中记录了差异原因，未留存针对差异检查的相关单据；六是回函日期晚于审计报告日，审计人员称其执行了替代程序进行核实，但底稿中无相关记录和说明。
（3）相关信息填写不全。部分项目跟函信息填写不完整，未填写实施函证过程说明部分；函证结果记录表未记录回函日期，未填写部分回函快递单号。
如回函汇总表内容与实际不符，部分有回函金额，但实际为对方未回函或审计报告日后才取得回函；应收票据明细表中“是否函证”一列填写的均为“是”，实际均未函证；应付账款发函日期与底稿记录的日期不同；询证函上的日期与亲询记录的日期不一致；其他应收款实际抽样方法与底稿描述存在一定的差异，审计人员未及时对底稿描述进行修订。
4.其他存疑问题。某项目应付账款亲函照片显示日期为5月23日，为提供底稿前一天，晚于审计报告日。
其他科目函证存在问题与前述类似，主要集中在寄发函证和回收函证的过程控制不到位；回函日期晚于审计报告日的，未记录相关替代程序；回函异常或不可靠时未采取一定的措施获取进一步审计证据等。
被审计单位及其下属子公司将部分原材料荒料、库存商品寄存在外协加工厂或者第三方，寄存方大部分为个体经营者，未以公司形式进行工商注册登记，审计机构对该类存货执行了函证程序，但大部分回函只有个人签字，未采取进一步审计程序确认签字人与寄存方的关系，以核实回函的可靠性。